FUJIFILM GFX 50R可使用各種影像格式和品質儲存照片，包含兩種尺寸和三種壓縮層級的JPEG檔案，以及未壓縮/無失真壓縮的RAW檔。甚至當你只使用RAW格式拍攝時，相機會同時記錄1200萬畫素的快取縮圖。機身內建的RAW檔轉換功能也能將拍下的RAW檔儲存成8-bit的TIFF檔。

標準ISO感光度範圍為ISO100-12800，且還提供了擴展的ISO50、ISO25600、ISO51200和ISO102400。 在所有這些ISO設定條件下均支持RAW格式。 自動ISO功能允許您設定標準ISO、最低快門速度限制和ISO上限，並根據拍攝條件配置AUTO 1 - 3設定。

白平衡可以被設定成自動(Auto)、預設(Preset)、自定義(Custom)或是色溫(Color Temperature)等方式。並可使用RB色彩座標進行微調，以實現更精準的色彩平衡。最多可以儲存3種自定義白平衡設定。在不超過ISO上限的狀況下，可配置自動1–3種設定以符合拍攝條件。

富士軟片借助過去80多年在攝影底片製造領域積累的豐富的色彩再現知識與經驗，開發了多種軟片模擬模式，可以為您重現豐富的色彩和色調，就好像在使用各式各樣的攝影底片一樣。

可以結合軟片模擬功能，來進一步細調色調和色彩，以達到您期望的色彩再現效果。